Rin'negan
Rank: -
Descrição: O Rin'negan é o mais venerado dos Doujutsus. O Rin'negan é caracterizado por um número de círculos ao redor da pupila do usuário,este seu poder é dito capaz de salvar ou destruir o mundo. Diferente dos outros Doujutsus, este parece estar ativado todo tempo. Ele era usado pelo Eremita dos Seis Caminhos, dito o precursor de todos os Ninjas do Mundo e o criador dos primeiros Ninjutsus. Nagato, o atual, e único, conhecido usuário desta habilidade, ativou-o na sua infância para salvar seu amigo Yahiko. Pelo que Nagato (Pein) disse, Yahiko morreu há um tempo , por isso que o corpo de Yahiko faz parte dos corpos que "compõem" Pein. Pein se fez supor que possui o poder da clarividência, e parece que esse Doujutsu permite mais de um Contrato de Sangue. Ele também tem vários outros corpos que varia dependendo da necessidade. O Rin'negan tem o poder de controlar todos os elementos e com isso, permite ao usuário utilizar todos os ninjutsus dos seis caminhos, Nagato era capaz de invocar a Gedo Mazo, um monstro capaz de sugar a alma de seus oponentes, através desse a Akatsuki estava sugando o poder dos Bijuus para criar o Jutsu Final. Os metais usados nos corpos controlados por Nagato também vem da estátua, porém o uso excessivo destes poderes fez com que a estatua/monstro atingisse o próprio Nagato, sugando sua vitalidade. Nagato deu sua vida usando um último Jutsu, capaz de dar a vida a suas vítimas recentes, revivendo todos de Konoha.

Sharingan - Nível 3 [Oculto por um pano] (Desativado)
Rank: -
Descrição: O terceiro nivel mostra o quanto o Sharingan é poderoso. O membro do Clã Uchiha pode desvendar e copiar qualquer Jutsu (Ninjutsu, Taijutsu ou Genjutsu) de qualquer Rank e descobrir seus pontos fracos (Nesse caso também encaixam-se Hijutsus), não podendo ser ludibriado por nenhum Jutsu que já tenha presenciado. Nesse nivel a visão de fluxo de Chakra é perfeita e o membro do Clã Uchiha pode ver qualquer coisa que se utilize de Chakra, melhorando sua antecipação de movimentos. O Sharingan Nível Três, também é o nivel onde o Sharingan começa a demonstrar seus poderes de manipulação de Jutsus, podendo usar Ninjutsu ou Genjutsu, apenas com um simples olhar. E esses poderes são:

- Paralisia: Ao olhar nos olhos da vítima, o Genjutsu faz o inimigo perder o controle do movimento do corpo (Hipnose Total), paralisando-o por algum tempo (Precisão do usuário X Resistência/Habilidade do alvo).
- Verdade: Hipnotizando a mente do alvo, o membro do Clã Uchiha faz perguntas e o alvo não consegue esconder a verdade (Leitura corporal), o alvo não conseguirá mentir (Precisão do usuário X Percepção do alvo).
- Ilusão: O membro do Clã Uchiha usa Genjutsus apenas com os olhos. (Precisão do usuário X Percepção do alvo).
- Persuasão: O membro do Clã Uchiha com a hipnose, confunde o alvo e o faz crer em qualquer coisa que diga (Eu vejo o seu futuro, é a morte), deixando o alvo em pânico e tirando sua concentração. Esses efeitos podem ser usados apenas um de cada vez e somente se conseguir olhar diretamente nos olhos do inimigo apenas por um instante.
- Dano: Prende o inimigo em um dos efeitos (apenas um de cada vez para qualquer um que o olhe em seus olhos).